Është e njohur dashuria e madhe e F. Nolit për Shqipërinë dhe shqetësimet e përhershme për fatin e saj. Ky shqetësim do të zgjohet me forcë të re me pushtimin fashist të atdheut, por është fakt se ai, duke jetuar përtej Atlantikut, nuk do ta kuptojë e përcaktojë në kohën e duhur zgjidhjen e vërtetë të shpëtimit të Shqipërisë. Qëndrimet dhe gjykimet e tij gjatë Luftës së Dytë Botërore, siç dihet, do të jenë kontradiktore e me zigzage dhe vetëm nga fundi i saj, kur Ushtria Nacionalçlirimtare, nën udhëheqjen e komandantit legjendar Enver Hoxhës, ishte në prag të çlirimit të vendit, Fan Noli do të përshëndeste dhe mbështeste fitoren historike me gëzimin e sinqeritetin e një patrioti demokrat. Ai do t’i drejtohej popullit shqiptar me përshëndetjen besimplote se “…nga errësira e qorrsokakëve po hyjmë në dritën dhe në fushën e hapur të veprimit me udhëheqës që e kanë provuar zotësinë e tyre në vijën e zjarrit. Këta udhëheqës duhen përkrahur pa kondita, pa rezerva dhe pa kursim, se e meritojnë besimin e popullit plotësisht. Me këta udhëheqës fati i atdheut është i siguruar. Rroftë Shqipëria”.

S’është e vështirë të kuptohet se me këta udhëheqës F. Noli ka parasysh Partinë Komuniste të Shqipërisë, e cila ishte organizatorja dhe drejtuesja e Luftës Antifashiste, por këtë udhëheqje ai do ta shikonte e mishëronte në figurën qendrore të epopesë së Luftës, Enver  Hoxhën. Këto fjalë përshëndetëse patrioti demokrat do t’i shkruante më 18 nëntor 1944 për t’i skalitur në mënyrë lapidare në veprën e tij “Historia e Skënderbeut”: “Historianët, kur të shikojnë historinë e Shqipërisë vështrimin e 100 vjetëve me vonë, nuk do të ishte çudi ta nisin jetën e vërtetë  indipendente të popullit shqiptar jo me 1912, por më të 1944”. Konsideratën e parë F. Noli për Enver Hoxhën e ka dhënë në qershor të vitit 1944, në një mbledhje të organizuar nga Departamenti i shtetit në Boston. Aty Fan Noli, në vijim të qëndrimit të tij të gabuar, do të shprehte mendimin se për të shpëtuar kufijtë, e Shqipërisë duhej përkrahur A. Zogu. “Por sapo shprehu këto mendime, siç dëshmohet në librin e K. Çekrezit “Plani i tretë i copëtimit të Shqipërisë (1951), një nga zyrtarët amerikanë shpalli lajmin se në Shqipëri ishte formuar një qeveri e re nën kryesinë e Enver Hoxhës (ka parasysh Kongresin e Përmetit), peshkopit iu çel fytyra menjëherë dhe, sikur a kishte përgjigjen në majë të gjuhës, tha pa u menduar fare: -Atëherë, heqim dorë nga Zogu për të përkrahur qeverinë e re. -Jo, -tha zyrtari amerikan,- nuk do ta përkrahim, sepse mbas informatave tona, ajo duket si qeveri pro-komuniste, në mos komuniste. -Paçka, u hodh peshkopi,- prapë, ata djemtë tanë janë!”.

Që nga kjo ditë F. Noli do ta përkrahë me të gjitha forcat Lëvizjen Nacionalçlirimtare, qeverinë demokratike të udhëhequr nga Enver Hoxha, si të vetmen forcë që është “shpresa e madhe e një Shqipërie të lirë demokratike”. Prandaj s’është koha që të “pëshpëritim si era e natës, duhet të bërtasim si trumbeta në është, se kemi dëshirë që të bëjmë detyrën tonë kundrejt popullit shqiptar”. Në këtë kohë Noli do të përfshihet nga një valë e zjarrtë entuziazmi dhe që e ka burimin te ngjarjet e mëdha që po ndodhnin në Shqipëri. Formimi i qeverisë në Berat, çlirimi i plotë i vendit, masat e para demokratike të qeverisë do ta përtërijnë patriotin veteran. Ai del “para popullit, siç shkruan gazeta i gëzuar, i përtëritur dhe i çelur”, mban fjalime, shkruan artikuj, organizon fushata ndihmash, kudo dhe kurdoherë e elektrizon gjindjen, duke mbyllur fjalën e tij me thirrjen: “Rroftë Shqipëria”, “Rroftë Enver Hoxha”. Kur arrin lajmi i çlirimit të Shkodrës, qytetit të fundit, Noli, nëpërmjet gazetës “Dielli”, që ishte zëdhënësja e tij, do të shpallë se “Shqipëria ndodhet përsëri nën flamurin madhështor të Skënderbeut. Kjo do të jetë një ditë e shenjtë për popullin shqiptar. Roli i Gjeneral Enver Hoxhës është një triumf. Këtë të vërtetë as miqtë, as armiqtë e Enver Hoxhës s’mund ta kundërshtojnë dot” (dhjetor 1944). Tamam në këtë kohë në mes të shqiptarëve të thjeshtë të Amerikës do të lindë një këngë popullore për Enver Hoxhën botuar në “Dielli”, ku ndërmjet të tjerave thuhet:

Enver Hoxha djal’ i ri,

Populli me dashuri,

E ngarkon me përgjegjësi

Rojtar mbi gjithë Shqipërinë.

Bota jashtë hipokrite

Nënqesh me ironitje

Ngaqë ëndrrat imperialiste

S’gjejnë vend, po neveritje.

Fan Noli, që jetonte me ndjenjat e mendimet e shqiptarëve të Amerikës, do të bëhej zëri i tyre, zëri i ndërgjegjes patriotike dhe aspiratave popullore e demokratike të vëllezërve të vet kurbetçinj. Në telegramin e parë dërguar Enver Hoxhës pas Çlirimit, në emër të vëllezërve mërgimtare, do të shkruante: “Ne jemi kryelartë me ju, pse keni qenë i vetmi udhëheqës që mundi të çlirojë atdheun e vet, pa ndihmën e të tjerëve. Qeveria juaj është nga ato të rrallat që, pa ndihmën e forcave të armatosura të aleatëve, mundi të qëndrojë në këmbët e veta”. F.Noli qysh në muajt e parë të triumfit të pushtetit popullor në Shqipëri, do të bëhet përkrahësi dhe propaganduesi më i zjarrtë i qeverisë sonë demokratike me Enver Hoxhën në krye. Në 8 prill 1945, në fjalimin që do të mbajë para shqiptarëve të Bostonit, do të thoshte: “Gjendja e Shqipërisë sot është shumë më e favorshme nga ajo 1918… Veçanërisht këtë herë garancia më e fortë për të pritmen na vjen nga guverna e sotme e Enver Hoxhës, e cila gëzon besimin e popullit dhe është e zonja të qëndrojë mbi këmbët e veta, kur të gjitha guvernat e viseve të çliruara qëndrojnë në fuqi me përkrahjen ushtrive aleate”.

Të vërtetën që Shqipëria është çliruar vetë, pa ndihmën e huaj dhe qëndron e ecën me këmbët e veta, F. Noli e lidh gjithnjë me patriotizmin e thellë dhe largpamësinë e Enver Hoxhës, me dinjitetin e lartë e karakterin e pavarur të popullit shqiptar, të mishëruara këto në personalitetin e gjeneral Hoxhës. “Sot, -do të shpallë ai me entuziazëm,-kemi qeverinë më të mirë që në kohën e Skënderbeut”.

Në mes Enver Hoxhës dhe Fan Nolit do të shkëmbehen mesazhe dhe letra të përzemërta, në të cilat jo vetëm shprehet respekti reciprok, por edhe interesimi dhe shqetësimi i përbashkët për probleme që kanë të bëjnë me përparimin e Shqipërisë dhe afirmimin e saj në botë. Kështu, që në vitin e parë të Çlirimit, F. Nolit i bëhet thirrja për t’u kthyer në atdhe, bile ftohet që në fushatën elektorale të zgjedhjeve të dhjetorit 1945 të vëjë kandidaturën për deputet. “Do të ishte një nder,- i shkruan Enver Hoxha, – t’ju kemi midis nesh… për të mirën e popullit tonë”.  F.Noli në përgjigjen e tij, duke e quajtur krejt të pamundur një udhëtim eventual aso kohe në Shqipëri, i shkruan udhëheqësit të Shqipërisë se “mund të jeni sigurt që gëzoni tërë përkrahjen time dhe mund ta përdorni emrin tim në fushatën elektorale në favor të kandidatëve të Frontit Demokratik”. Nga ana tjetër, në telegramin dërguar kryesisë së kishës ortodokse Shqipërisë i shkruan: “Ju falënderojmë shumë për ndihmën tuaj të vlefshme që i keni dhënë qeverisë demokratike të gjeneral Enver Hoxhës. Jemi të bindur se do t’i qëndroni besnik atij dhe Frontit Demokratik, dhe do të ndihmoni që të përkrahet qeveria, e cila është me popullin dhe punon për popullin”.

Fan Noli në gjykimet që jep për gjendjen në Shqipëri dhe rolin e Enverit, nuk flet vetëm për ndjenjat e një patrioti të sinqertë, por dhe me sensin dhe erudicionin e historianit. Ai di ta kapë thelbin historik e klasor të ngjarjeve që kanë ndodhur e po ndodhin në Shqipëri. “Këtë herë,- thotë ai e kanë marrë në dorë fatin e kombit, jo bejlerët dhe arhondët, po opinga, njerëzit e popullit. Kësaj here bejlerët kanë luajtur rolin e një zeroje…. Kjo është një situatë e re, duhet pranuar pa kondita…”. Duke vënë në pah madhështinë e kohës së re që ka çelur qeveria e Enver Hoxhës ai s’gjen epokë tjetër për ta krahasuar veç atë të Skënderbeut. “Atë punë që nuk e bëri dot Skënderbeu e bëri vetë populli, duke organizuar Frontin Nacionalçlirimtar… Punën që nisi Skënderbeu në shekullin 15 e mbaroi Enver Hoxha në shek. 20, me sakrificat sipërnjerëzore të popullit”. Për Nolin, Shqipëria tani nuk ecën “si dikur me çapet e breshkës, por fluturon si shkabë sipas emrit”. Prandaj, patrioti demokrat jo vetëm përkrah dhe mbështet moralisht e politikisht qeverinë tonë demokratike dhe ngre lart figurën e madhe të  Enverit, por angazhohet dhe në luftë kundër armiqve të Shqipërisë, në fushatën e tërbuar antishqiptare të organizuar prej qarqeve reaksionare anglo-amerikane dhe shovinistëve grekë.

Në luftën kundër shovinistëve grekë ai ka një përvojë të madhe, i njeh taktikat e tyre djallëzore dhe pretendimet absurde ndaj tokave shqiptare. Por më e rëndësishme për të është se kohërat tani kanë ndryshuar, prandaj ai është optimist dhe shpall me besim: “Sot nuk është as 1912, as 1920… Enver Hoxha ka thënë më tepër se njëherë që është gati të luftojë për Shqipërinë. Enver Hoxha di ç’thotë… Populli grek s’do luftë”. Fan Noli u kundërvihet me argumente të forta protagonistëve kryesorë të fushatës antishqiptare në SHBA, peshkopit Kotoko dhe senatorëve amerikanë Paper, Sallonstall e Uells. Duke cituar fjalët e Enver Hoxhës se “vendi ynë është një vend i vogël, po ka një ushtri të madhe, me të cilën mburremi”, zbulon me guxim planet e armiqve të Shqipërisë kur thotë: “Ky vend i vogël, ky popull me shpirt të madh gjendet ballë për ballë me një sërë kundërshtarësh… S’ka asnjë dyshim se Amerika me dashje ose padashje po bëhet vegël e Anglisë në Ballkan. Kotoko s’vinte dot në Amerikë pa lejen e Departamentit të Shtetit”.

Përveç artikujve që boton, fjalimeve që mban për mbrojtjen e integritetit tokësor të Shqipërisë, ai zhvillon një veprimtari të dendur diplomatike për popullarizimin e Shqipërisë së re dhe njohjen e guvernës demokratike të Enver Hoxhës në arenën ndërkombëtare. Qysh në prill të 1945, duke kërkuar të ftohet Shqipëria të marrë pjesë në Konferencën e San Franciskos, në një telegram që i dërgon Stalinit, Ruzveltit dhe Çurçillit, shkruan: “Kryeministri Enver Hoxha, kryetar i guvernës shqiptare… e meriton plotësisht ftimin nga ana juaj, se ka luftuar trimërisht kundër armikut të përbashkët”.

Qëndrimi antishqiptar i imperializmit anglo-amerikan dhe reaksionit botëror do të shfaqet në mënyrë flagrante e të paturpshme kur do të shtrohet çështja e pranimit të Shqipërisë në OKB. Propaganda borgjeze organizoi një fushatë të pashembullt për të falsifikuar të vërtetën historike. Senatorë e peshkopë, gazetarë e diplomatë, kasnecë të reaksionit u përpoqën të errësojnë diellin me shoshë, injorojnë luftën heroike të popullit tonë kundër fashizmit e të mohojnë të drejtën e Shqipërisë për t’u përfaqësuar në OKB. F.Noli, duke mbështetur politikën e jashtme të qeverisë sonë dhe përpjekjet e saj për njohjen e të drejtave të popullit shqiptar, do të punojë në një front me të pa u lodhur dhe me kurajo. Të kësaj kohe janë memorandumet e artikujt e tij në gazetat e mëdha amerikane, broshura “Shqipëria nga viti 1939”, fjalimet në mitingje e veçanërisht përçapjet e drejtpërdrejta që bëri në rrethet diplomatike të OKB-së. Duke pasur parasysh procedurën, gjithë punën e vet ai e përqendron te kontaktet me anëtarët e Këshillit të Sigurimit, sepse pa rekomandimin e tyre nuk mund të bëhej pranimi i Shqipërisë në Asamblenë e OKB-së. Në këtë mision patriotik Nolin do ta ndihmojë përvoja e tij diplomatike në Lidhjen e Kombeve, njohjet me diplomatët e vjetër, përgatitja dhe erudicioni i gjerë, aftësia e argumentimit, zotërimi i shumë gjuhëve, e mbi të gjitha bindja e thellë në drejtësinë e çështjes shqiptare që mbronte.

Pa u shtyrë në kronikën e kësaj veprimtaria të gjithanshme e të vështirë, le të kujtojmë vetëm një episod. Noli do të takohet me të gjithë, anëtarët e Këshillit të Sigurimit, por është mjaft kuptimplotë takimi me kryetarin e delegacionit francez. Sipas gazetës «Dielli» të 26 majit 1946 marrim vesh se: “Noli u takua dhe pati bisedime me përfaqësuesin e Francës, Aleksandër Parodi, që kryeson Këshillin e Sigurimit. Ai është interesuar që më parë për jetën politike të diplomatit francez. Parodi kishte qenë komandant i njësiteve partizane gjatë rezistencës antifashiste. Pamja e tij prej intelektuali, i qeshur e simpatik nuk të bënte të besoje që ky të kish qenë ushtarak. Noli i shpjegoi atij të drejtën që ka vendi i tij, Shqipëria, për të hyrë në OKB dhe çështjen e kërkesave absurde të grekëve për Vorio Epirin. Parodi e dëgjoi me vërejtje të madhe dhe herë pas here e pyeste për t’u sqaruar. Biseda zgjati afro një orë në frëngjisht, të cilën Noli e flet me lehtësi të madhe”. Në fund Noli i dorëzoi memorandum. Kur u ngrit për të shkuar Dr. Noli i tha në mes të tjerash, në mënyrë figurative diplomatike: “Gjeneral Enver Hoxha ju bëri thirrje personale për të drejtat e Shqipërisë me këto dy cilësira:

E para, si shok i armëve, se ka luftuar vite me radhë kundër armikut të përbashkët, si kryekomandant i partizanëve të Shqipërisë së vogël dhe ju si kornandar i partizanëve të Francës së madhe.

E dyta, si shok i shkollës, se ka studiuar në Francë dhe ka punuar si profesor i Liceut frëng të Korçës dhe ka përhapur kulturën e Francës në Shqipëri. Këto dy cilësira i japin kurajon kryeministrit të Shqipërisë t’ju kërkojë përkrahjen”.

Ambasadori Parodi në mes të tjerash tha: “Jam i mallëngjyer nga kjo thirrje se u jap një vlerë shumë të lartë këtyre cilësive të kryeministrit të Shqipërisë”. Pastaj ai tregoi interes e simpati të veçantë për kryeministrin e për vendin e tij, si dhe për Reformën Agrare që është zbatuar atje”. Disa ditë më vonë, më 30.5.1946, në një radiogram dërguar Enver Hoxhës, F. Noli do raportonte: “Kryetari i delegacionit francez, Aleksandër Parodi, heroi i famshëm i rezistencës franceze, që shërben tani si president i Këshillit të Sigurimit, tregoi një interes të dukshëm në shpjegimin tim të hollësishëm mbi betejat tuaja të forta kundër armikut të përbashkët dhe për Reformën Agrare që keni bërë pas Çlirimit të atdheut”.

Krahas veprimtarisë së dendur diplomatike në favor të atdheut të rilindur dhe punës propagandistike që bëri në SHBA, F.Noli, ndonëse larg, ndjek me vëmendje të madhe dhe emocion të vazhdueshëm jetën politike të Shqipërisë së re. Ai përshëndet si një ngjarje të madhe historike shpalljen e Shqipërisë Republikë Popullore, e cila tani është “e popullit dhe për popullin”. Me këtë rast, ai do të shkruajë në “Dielli” (6.3.1946): “Nën kryesinë e Enver Hoxhës në maj 1944 dhe janar 1946 në Shqipëri u morën masa revolucionare për rindërtimin e vendit. U bë Reforma Agrare, klasi i bejlerëve dhe bejlurçinave u përmbys përfundimisht. Në këtë periudhë Shqipëria nën Enver Hoxhën i provoi botës se shqiptari ka zotësi të jashtëzakonshme të vetëqeveriset. Kjo provohet me fakte, jo me retorikë. Kudo gjetkë në Evropë popujt vuajnë nga armiqtë e tmerruar: inflacioni dhe tregu i zi (marqeta e zezë). Në Shqipëri nuk ekziston as njëra, as tjetra”.

Republikani veteran Fan Noli do të përkthejë vetë e do të botojë kushtetutën e Republikës Popullore të Shqipërisë. E jo vetëm kaq, por i entuziazmuar prej saj e duke e krahasuar me kushtetutën amerikane, do të pohojë se kushtetuta e atdheut të tij është më demokratike, pasi ajo s’e pranon diskriminimin racial dhe garanton të drejtat e gruas. Ai shpall me mburrje se: “Kushtetuta e Shqipërisë mbron punëtorët dhe fshatarët e vegjël e të mesëm”. Noli demokrat kap thelbin klasor të këtij dokumenti historik, ideator i së cilës është një udhëheqës i pjekur e largpamës si Enver Hoxha.

Në vitet 1946-1947 në SHBA do të nisë një valë e re shpifjesh e falsifikimesh kundër Shqipërisë së re dhe pushtetit popullor «që lindi nga lumenjtë e gjakut të lirisë». F. Noli përsëri nuk do të qëndrojë mënjanë, përkundrazi duke e quajtur këtë “fushatë turpi”, do të vihet në mbrojtje të pushtetit të ligjshëm që është në fuqi në atdheun e tij. Ai do të shkruajë disa artikuj, nga të cilët veçojmë “Dalëngadalë po kthjellohet” dhe “Dy fjalë, për ballistët”, ku si personalitet qendror të historisë së re shqiptare nënvizon figurën e Enver Hoxhës. Duke qenë në krye të një qeverie demokratike, të cilën Noli e cilëson «diell të flakët», kjo qeveri, nën kryesinë e tij është e fortë brenda edhe jashtë: “brenda sepse përveç veprave të tjera kontruktive, ka mundur të zbatojë Reformën Agrare me rrënjë dhe ta transformojë Shqipërinë nga një çiflig i bejlerëve, në një tokë të fshatarëve e punëtorëve. Jashtë se për herë të parë në histori të saj, Shqipëria e vogël qëndron ballëpërpjetë, edhe di t’ua japë xhevapin kapadainjve që bien në qafë”. Prandaj, këshillon Noli “gjithë populli shqiptar duhet të grumbullohet rreth guvernës së Enver Hoxhës. Çdo shqiptar e ka për detyrë të shenjtë të mos bëhet vegël e reaksionarëve, por të vazhdojë punën për të mirën e Atdheut, sepse vazhdon ai më tej, “Garancia më e mirë për mbrojtjen e Shqipërisë janë bajonetat e Enver Hoxhës”.

Duke iu kundërvënë haptazi e me guxim propagandës bajate të reaksionit ballisto-zogist në SHBA, prapa të cilit Noli ka kurajon të diktojë dorën e imperialistëve amerikanë e anglezë, ai do të demaskojë politikën e dështuar të reaksionit në Shqipëri. “Ballistët duke bashkëpunuar me fashistët,- thotë Noli,- jo vetëm vranë veten, por mend vranë dhe Shqipërinë, të cilën e nxinë përpara botës proitaliane dhe progjermane. Si e këtillë Shqipëria do të ishte copëtuar padyshim. Desh perëndia, dolën në shesh partizanët më Enver Hoxhën në krye dhe jo vetëm e nxorën Shqipërinë nga hendeku i vdekjes, por e vunë në radhën e të gjallëve, pranë shteteve aleate. Kurse vendi i ballistëve-vazhdon Noli-“sot është në varret e fashizmit”. Me një krahasim shumë të goditur, ai pohon botërisht se “Balli kombëtar është dyfeku me çark në Shqipëri, qeveria e sotme është bomba atomike”?

S’ka dyshim se ngjarjet historike që ndodhën në atdheun e tij dhe shndërrimet revolucionare që erdhën më pas nuk mbetën pa vepruar dhe te Noli patriot e demokrat. Ato jo vetëm e ringjallën shpirtërisht, duke i zgjuar emocione të fuqishme, por edhe ndikuan në pikëpamjet e tij, e bënë optimist si kurrë ndonjëherë për të ardhmen e atdheut, i shtuan besimin te forcat e aftësitë e popullit, demokratizuan më tej disa nga konceptet e tij. Asnjëherë Noli nuk ka qenë në pozita kaq të përparuara sa në këtë kohë. Po pa mohuar faktorët objektivë, rrethanat e reja historike-shoqërore që u krijuan në Shqipëri, nuk mund të mos tërheqë vëmendjen roli i personaliteti i Enver Hoxhës dhe i veprës së tij historike në qëndrimet pozitive të Nolit, në mendimet e veta, në përtëritjen dhe evoluimin që pësojnë disa nga konceptet e botëkuptimit të tij.

Tek Enver Hoxha ai do të shohë protagonistin kryesor të historisë së re shqiptare, arkitektin e Shqipërisë së re, prijësin e luftës heroike që realizoi “veprën e pambaruar të Skënderbeut”, udhëheqësin e dashur e të adhuruar të punëtorëve e fshatarëve, burrështetin e madh të një vendi të vogël. Kjo do të bëjë që Fan Noli të ruajë për të gjithnjë një stimë e respekt të thellë, aq sa do ta quajë deri në fund të jetës “kumandari ynë”. Jo rastësisht, disa muaj para se të mbyllë sytë, ai do t’i shkruante mikut të tij Milto Sotir Gurrës: “Ne të dy kemi pasur fatin se kemi rrojtur mjaft gjatë për të parë këtë (Shqipërinë e përparuar N.J.) Sa shumë të tjerë nuk e gëzuan këtë privilegj. Kështu, sidoqoftë, ne i përkasim grupit të fatlumëve”.